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《微生物学报》是以微生物学基础研究和应用基础研究以及高技术创新为主的综合性学术刊物。他反映我国微生物学研究领域中最新成果，促进国内外学术交流，为我国的经济建设服务。主要报道我国普通微生物学、工业、农业、医学、兽医微生物学，病毒学，免疫学和微生物学有关的生物工程等方面的研究论文、研究简报和小型综述等。
《微生物学报》对象是国内外从事微生物学研究工作及与微生物学有关的科研管理和教学人员。本刊是国自然科学核心期刊，被国内外著名的文摘刊物和数据库收录，是我国最早被世界最大医学文献数据库“MEDIARL”作为医学主题词标引的五个中文期刊之一，2001年被遴选为《国家期刊方阵》双百期刊。该刊发行和交换到40多个国家和地区，多次被评为优秀科技期刊，深受国内外广大读者的好评。
《微生物学报》被文摘与引文数据库、国立医学图书馆生物医学检索系统、《生物学文摘（预评）》、剑桥科学文摘社ProQeust数据库、北大2008版核心期刊，北大2004版核心期刊收录。
1.1微生物学报论文标题
论文标题应言简意赅，准确反映论文所写的内容，一般不应超过20个字，尽量避免出现标点符号及非公知、公用的缩略词、代号等。
1.2微生物学报作者简介
应依次写出作者姓名及相应的工作单位、所在省市、邮政编码。文后请附所有作者姓名、出生年、性别、学历、职务或职称、主要研究方向或从事技术工作领域。通信作者的详细联系地址、电话号码和电子邮箱等信息。请务必填写完整，以便编辑部与作者联系。
1.3微生物学报摘要及关键词
微生物学报摘要一般为200-300字，用第三人称对全文内容进行准确概括，包括研究目的、方法、结论等，禁用“本文”、“笔者”等主语。关键词一般为3-5个，应选择能反映论文主要内容的单词、词组或术语。以上要求必须有英文翻译，撰写应符合英语语法规范。
1.4微生物学报基金项目
如论文系某科研基金资助项目，须在文稿首页注明基金名称，并在括号内注明项目编号。
1.5正文
微生物学报正文用五号宋体，所附图及表格应直接插入文中相应的位置。表格用三线表。双栏版式，每栏22字，每页43行，整个文稿一般不少于5个印刷页（6500字以上）。正文中一级标题用小四号黑体，二级标题用五号黑体，三级标题用五号宋体。文中科学名词术语、量和单位符号、数字用法等必须符合国家标准和国际标准,国家无规定者应合乎专业习惯。上、下角标的字母、数码和符号，其位置的高低应有明显的区别。
1.6参考文献
微生物学报参考文献限于作者亲自阅读、本文明确引用、公开发表或有案可查者。文献全部列于文后，按文内出现的先后次序编号，在文内相应引用位置右上角加注序号。参考文献的数量不应少于5篇。
